En 1986, Alain Bresson crée la base de données PETRAE. Sa première version est diffusée en septembre 1988.

Développé en utilisant le Système de Gestion de Base de Données 4D (4° Dimension) et son langage de programmation sur plateforme Apple Macintosh, cette version proposait déjà toutes les possibilités de traitement d'un texte grec ou latin. Des fonctions supplémentaires sont accessibles en particulier la gestion d'indices philologiques et historiques. Cette base de données permet l’enregistrement d’inscriptions et la publication semi-automatique des données épigraphiques. Des alphabets épigraphiques latin et grec sont spécialement conçus.

Les années suivantes, ce programme constamment mis à jour par son créateur offre la possibilité aux chercheurs et aux collaborateurs de l’Institut Ausonius d’enregistrer :

• 4000 inscriptions hispaniques,
• 1500 de l’Aquitaine,
• 300 de l’Italie, 
• 500 de la Grèce,
• environ 1700 d’Afrique.

Il permet également la publication de nombreux livres et articles ( Liste des publications ). C’est d’ailleurs sur le terrain de l’édition que la diffusion de PETRAE est la plus importante.

En 2008, après un arrêt du programme pendant quelques années, Nathalie Prévôt, actuelle directrice technique du projet, récupère les données et développe une version en ligne de PETRAE, en PHP et MySQL, en maintenant l'ergonomie de l'interface de saisie traditionnelle.

En 2012, pour favoriser d'une part l’exploitation scientifique des corpus et faciliter l'échange et le partage des données d'autre part, les standards, normes et référentiels internationaux sont utilisés : chaque fiche PETRAE est automatiquement exportée au format XML, conforme à la TEI P5 (Text Encoding Initiative) et à EpiDoc  (Epigraphic Documents in TEI-XML) mis au point pour la publication électronique de textes antiques en grec et en latin.

L’équipe et son réseau de collaborateurs travaillent alors à la mise en ligne des données PETRAE existantes, ainsi que l’enregistrement et la publication des textes épigraphiques des différentes régions étudiées par les membres de l’Institut Ausonius. Ces régions sont essentiellement l’Aquitaine, la péninsule ibérique, l’Afrique (Tunisie), l’Asie Mineure et l’Italie. La première partie concernant les inscriptions latines de Bordeaux (ILA Bordeaux) est diffusée sur le net en 2013.

Les chercheurs de l’Institut Ausonius collaborent avec la communauté scientifique internationale dans les cadres définis par la fédération EAGLE (Electronic Archive of Greek and Latin Epigraphy) de l’Association internationale d’épigraphie grecque et latine (AIEGL). Avec cette collaboration, les documents épigraphiques regroupés au sein de ce programme PETRAE sont consultables par le plus grand nombre.